JR東日本はE3系こまちの引退およびダイヤ改正に伴い、「スーパーこまち」の名称を廃止すると発表した。これにより「スーパーこまち」の名は、惜しまれつつも2014年3月14日をもって完全に消滅することとなった。
この件に関して、スーパーマーケット業を営んできた「スーパーこまち」の店長（54歳）は「2013年春に『スーパーこまち』がオープンしたものの、わずか1年で業務形態を変更せざるを得なくなった」と説明。
「今後は『デパートこまち』や『百貨店こまち』『ショッピングモールこまち』などに名称を変更し、引き続き秋田県内で営業を継続していきたい」と話している。